Stanley, Zev, hlava robota 790 a Kai se stanou posádkou LEXXu - nejničivější zbraně dvou vesmírů.
Planetu Brunnis 2 napadla ničivá kosmická loď Božského řádu Jeho Temnosti. Na obranu odstartovalo pouhých šest starobylých hmyzích lodí s nedostatečnou výzbrojí. Pět je zničeno, stejně tak i planeta, avšak poslední lodi se podaří proniknout do velitelské sekce, kde havaruje. Její pilot, poslední příslušník národa Brunnen-G, jménem Kai, je zabit Jeho Temností. Než zemře, zmíní proroctví Proroka času. Podle něj, bude Jeho Temnost zničena právě rukou Brunnen-G, pokud opustí Cluster. Jeho Temnost vysaje Kaiovu paměť a rozhodne se jeho tělo dále využít.
O 2008 let později. Planeta Cluster - správa svazu 20 000 planet.
Strážný čtvrté třídy č 47632943, Stanley Tweedle, je probuzen a nastupuje službu. K planetě neustále přilétají vězeňské transporty, vezoucí obžalované ze všech 20 000 planet. Jeden z transportů je naveden k přepážce obsluhované právě Tweedlem. Mezi jeho vězni je i arcikacíř z Ostrolu BP, Thoudin.
Stanley Tweedle, střežící přepážku, je vyrušen žádostí transportu a požaduje heslo. Velitelka ho nezná a tak transport odmítne vpustit. Je přistižen nadřízeným a musí se přihlásit k potrestání.
Tělo Jeho Temnosti umírá a kněží Božského řádu připravují náhradu. Protože spěchají, nedostatečně vymažou paměť jeho nástupce. Esence Jeho Božské Temnosti se pak přemístí do nového těla. Mozek starého těla je vypreparován, uložen do schrány a přidán k desítkám dalších - k Božským předchůdcům. Za předchůdci přijde nová Božská Temnost. Protože řád získal novou zbraň, rozhodl se opustit Cluster a vyřídit kacíře jednou provždy. Předchůdci varují před proroctvím, ale zbytek původní osobnosti, který zůstal v těle, proroctvím nevěří. Všichni Brunnen-G byli přece dávno zničeni. Aby nebyli odloučeni, rozhodne se všechny Božské předchůdce vzít s sebou na LEXX.
Během přepravy jeden z předchůdců svěří ostatním, že Brunnen-G nebyli zcela zničeni. Jeden jedinec přetrval.
Transport vězňů je vykládán a ti, upoutáni k masivním konzolám, projíždějí kolem Stana. Jeden z nich ho pozná a obviní ze zrady. Zdá se, že Stanova minulost není bez poskvrny.
Vězni jsou po řadě souzeni. Nejčastější rozsudek je rozebrání na orgány. Konzola s odsouzeným se pak přesune k důmyslnému zařízení, kde je tělo rozřezáno. Potřebné orgány jsou odebrány a zbytek propadne na pás. Tisíci podobných zbytků se v podzemí krmí nějaké obrovské zvíře.
Stanley se dostaví do trestního bloku. Zapře svou totožnost a sonduje, jaký trest čeká na Stanleyho Tweedla. Podle dozorčího odnětí tří orgánů (asi oko, ledvina a varle). Pokud se však nepřihlásí do konce služby, bude popraven. Stanley je zděšen a odejde.
Dalším z obviněných je Zev Bellringer z B3K. Tato ošklivá a tlustá dívka je obviněna z neplnění manželských povinností. Soud ji shledá vinnou a odsoudí k přeměně na otrokyni lásky pro potěchu kněží v semináři.
Thoudin z Ostrol BP je odsouzen k veřejné popravě - sežrání clusterskými ještěrkami. Pohyblivá schránka, v níž je upoután je přemístěna na stadion, kde je Thoudin předveden veřejnosti. Z jeho nosu vyleze miniaturní letoun připomínající vážku a odletí. Cestou narazí na Stana a ten ho poškodí. Stanley se přece jen rozhodl přihlásit k trestu avšak přijde pozdě. Strážnice je uzavřena a po Stanovi je zahájeno pátrání.
Zatímco Thoudin poslouchá dlouhý seznam svých zločinů, hmyzí bomba se vzpamatuje a vyhledá kabely ovládající Thoudinova pouta. Poškození jí však zabrání je otevřít. Nakonec sonda exploduje a výbuch poškodí zcela jiné vodiče. Vzniklý požár zapříčiní zkraty v síti justičního systému. Dojde k přehození signálů a Thoudin obdrží diplom za zásluhy. Jeho rozsudek zase způsobí vypuštění ještěrek do publika a masakr v řadách nejoddanější mládeže. (A pak že se ve filmu nesmí ublížit dítěti :-)
Mezitím je Zev připravována k přeměně. Na ni dohlíží robot 790. Proces je přerušen příchodem ještěrky, která sežere jeho lidské tělo. Robotí hlava se reaktivuje a pokračuje v procesu. Ještěrka se vrhne na Zev, avšak kontejner se uzavře a její hlava zůstane uvnitř. Přeměna proběhne. Hlava ještěrky je pryč a v kontejneru je najednou krásná dívka. Zaujme ji přístroj ve tvaru přilby. Rychle zareaguje a strčí pod něj robotí hlavu. Ta místo ní projde procesem úpravy mozku. Jakmile robot Zev spatří, okamžitě se zamiluje. Zev to přijde směšné a odchází. Robotí hlava ji pomocí podvozku následuje.
Dalším zkratem se uvolní Thoudinova pouta. Ten vzápětí osvobodí své spolubojovníky. Přitom uvolní i odsouzenou kanibalku Giggerotu Hříšnou. Ta jim však odmítne pomoci a zmizí. Sleduje jednu z ještěrek a jako první se dostane na LEXX.
Zev potká prchajícího Stana, jehož podobiznu viděla na pátracím displeji. O kus dál narazí na strážné roboty a ti je začnou pronásledovat. Oba jen náhodou přežijí střelbu a utíkají společně. Hlava robota 790 jim pomáhá otevírat dveře. Zev překvapivě komunikuje s ještěrkami a poštve je na sledující roboty. I Thoudin se svými lidmi narazí na strážné roboty, jenže jako nositel vyznamenání je snadno odzbrojí a následně zničí.
O situaci je informována Jeho Temnost. Chce dokázat že se nebojí žádného proroctví a přikáže strážím, aby uprchlíkům umožnili dojít na LEXX. Pak probudí Kaie, posledního z Brunnen-G, který byl přeměněn na nezničitelného zabijáka a pošle ho proti rebelům.
Stanley a Zev se díky tomu rovněž dostanou do oblasti zvláštních výzkumů. Zde se potkají s Thoudinem a rebely. Jen díky Zev zrádce Stanley není zabit. Thoudin vlastní duplikát Klíče k ovládaní LEXXu - nejničivější zbraně, která kdy byla vytvořena. Paradoxně to byl právě Stanley, díky kterému se plány na jeho stavbu dostaly do rukou Jeho Temnosti.
Během nastupování se objeví Kai a jednoho z rebelů zlikviduje. Jejich zbraně na něj nepůsobí. Thoudin předá Klíč svému zástupci, pošle je dovnitř a sám bojuje s Kaiem. I když mu způsobí vážná poškození, prohraje a zemře. Jeho zástupce sežere ještěrka a Stanley od něj nechtě získá Klíč. Zev ještěrku zažene. Společně se Stanem a Giggerotou najdou Můru a podaří se jim odstartovat. Prolétají vnitřkem LEXXu až najdou můstek, kde přistanou.
Zev objeví řídící konzolu a pochopí co je třeba udělat. Stanley přiložením své ruky do holografické šablony aktivuje LEXX, který ho považuje za Božskou Temnost. Když LEXX odmítne zničit Cluster, donutí ho Stanley odletět na hranice soustavy. Kai se pomocí svého klepeta přemístí na odlétající LEXX.
Jeho Temnost se rozhodne obětovat. Zanechá svůj mozek na planetě a tělo ovládané esencí Temnoty vyšle za LEXXem.
Stanley se svěří, že je opravdu proslulým arcizrádcem, díky němuž byla zničena stovka reformních planet a miliardy lidí. Vymlouvá se na subnebulární žoldáky, keří ho zajali a tajemství, ukryté v jeho zubu, z něj dostali. Kromě toho to nebylo sto, ale jen 97 planet. Na hranici soustavy jsou osloveni strážcem, který požaduje kód. Stanley nechá strážní stanoviště zničit. Výboj zlikviduje i přilehlou planetu a LEXX tak poprvé předvede svou sílu. Všichni jsou nadšeni.
Stanley se začne lísat k Zev, ale její ještěří choutky ho vyděsí. Vzápětí zjistí, že je pronásleduje Megastín - bojová loď Jeho Temnosti. LEXX ji odmítne zničit protože patří Božskému řádu a navíc se na můstku objeví zabiják Kai. Stanley se zbaběle vymlouvá, čímž si vyslouží opovržení obou žen. Giggerotu, která se chová agresivně, Kai svrhne přes okraj můstku. Stanley pochopí, že nemá šanci a rezignovaně se přizná. Kai se chystá oba zabít, avšak zaslechne volání Božských předchůdců, které napadla ještěrka. Jejich záchrana má přednost.
Kai odletí do sálu s předchůdci a ještěrku zlikviduje. Když se dotkne tkáně poškozeného mozku, vrátí se mu část paměti. Shodou okolností je to mozek právě té Božské Temnosti, která ho před dvěma tisíci let zabila. Kai mozek zničí a k velkému zděšení ostatních, získá nejen svou paměť, ale i všech dalších, zabitých lidí.
Megastín dostihl LEXX a Jeho Temnost se přemístila na palubu. Stanley si vzpomene na druhý zub, kde jsou souřadnice zvláště významného místa ve vesmíru. Protože nejde vytáhnout, Zev mu ho vyrazí pěstí. 790 rozkóduje souřadnice a LEXX tam na Stanův příkaz odletí. Megastín je stále sleduje. Kai se vrátí na můstek, ale už není poslušným zabijákem - má zpět svou vůli a paměť. Současně se zde objeví Jeho Božská Temnost. Kai odmítne zabít vzbouřence a vyzve ho na souboj. LEXX se blíží svému cíli - Fraktálnímu jádru - přechodu mezi Vesmírem světla a Temnou zónou - vesmírem chaosu zkaženosti a zhouby.
Kai a Jeho Temnost se dostanou až do sálu s předchůdci. Jeho Temnost útočí výboji energie a Kai jen stěží vzdoruje. Do sálu přiběhne Stanley a Zev. Ničením mozků Božských předchůdců odvedou pozornost Jeho Temnosti a Kai klepetem rozpoltí jeho lebku. Temnota unikne a zaútočí na Kaie. Když si uvědomí blízkost Fraktálního jádra, stáhne se.
LEXX proletí fraktálním jádrem do Temné zóny a Megastín ho následuje. Esence Temnoty stihla opustit LEXX ještě před vstupem do jádra a vrátí se na Cluster.
Megastín začne LEXX ostřelovat. Ten se otočí a bez problémů ho zničí. Průchod jádrem zjevně vymazal část paměti LEXXu s informacemi o Temném řádu. Bohužel, Fraktální jádro je jednosměrné a ani 790 nezná cestu zpět. Kai jim doporučí, aby si v Temné zóně našli nový domov. On sám je mrtvý, poháněný pouze protokrví, a proto se musí zmrazit, aby s ní šetřil.
Stanley a Zev odlétají hledat vhodnou planetu.